Sementara misi yayasan antara lain membangun pusat dakwah, sosial, pendidikan, ekonomi, yang berbasis pada pemberdayaan masyarakat yang bersifat social oriented.
Kemudian meningkatkan perhatian dalam dakwah yang berkualitas demi menuju masyarakat sejahtera, berkarakter dan berakhlak Qurani.
Selain itu, yayasan juga ingin menyelenggarakan berbagai layanan sosial kemanusiaan dalam membantu pemberdayaan umat.
Lalu membangun ekonomi umat yang berbasis pada pemberdayaan masyarakat demi terwujudnya ekonomi umat yang mandiri, dan menyelenggarakan syiar keagamaan, membantu pembangunan tempat ibadah sehingga terciptanya umat yang mandiri dan sejahtera.
Yayasan juga punya program jangka panjang yaitu, safari dakwah dan tabligh akbar, tebar Qur’an, penyaluran dan pengumpulan zakat, infaq dan sedekah.
Sementara program jangka pendek yayasan yaitu dakwah komunitas. Program dakwah yang menyasar kepada komunitas-komunitas yang ada, agar nilai-nilai dakwah bisa sampai kepada mereka dengan santun. Sedangkan buletin dakwah adalah program dakwah melalui tulisan ringan, santun dan mendidik yang menyasar kepada masjid-masjid untuk tersebarnya Islam yang rahmatan lil alamin.
Di bidang ekonomi, yayasan punya program jangka panjang yaitu, penanaman durian montong sebagai aset kemandirian yayasan ke depan.
Sedangkan program jangka pendek di bidang ekonomi yaitu, pelatihan skill untuk pengembangan SDM di lingkup ekonomi usaha, kemudian pemanfaatan lahan pertanian dengan melakukan penanaman tanaman palawija.
Ada pula program di bidang sosial kemanusiaan, yang lebih cenderung membantu orang-orang yang membutuhkan bantuan seperti anak-anak yatim, mualaf dan guru-guru mengaji.
Kepolisian dari Satgas 1 Ops Madago Raya pun menggandeng Yayasan Banua Amal Poso untuk membantu dan bekerja sama dalam membentengi masyarakat Kabupaten Poso, terutama terhadap anak-anak didiknya dari pemahaman radikal, tindakan terorisme dan intoleran, apalagi hal tersebut salah satu tujuan dari Yayasan Banua Amal Poso. RED
